이는 결국 납세협력비용 증가로 납세자에게 금전적·시간적으로 많은 불편을 초래했다. 이에 올해부터 도입되는 사업자단위과세제도는 이러한 불편을 대폭 감소시켜 줄 것으로 예상된다.
사업자단위과세제도란 여러 개의 사업장을 소유하고 있더라도 본점 또는 주사무소에서 하나의 사업자 등록을 하여 신고·납부 등을 총괄하는 제도다.
둘 이상의 사업장이 있는 사업자가 각 사업장의 물류 흐름 및 재고를 관리할 수 있는 전산시스템 설비를 갖추고 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻어야 한다.
기존 사업자는 사업자단위과세제도를 적용받고자 하는 과세기간 개시 20일 전에, 신규 사업자는 사업장단위과세적용사업장의 사업자등록증을 받은 날부터 20일 이내에 사업자단위과세제도 승인신청서를 관할 세무서장에게 제출하면 신청일부터 20일 이내에 승인 여부를 통지받아 사업자단위과세제도를 적용받을 수 있다.
기존에는 판매 목적으로 타 사업장에 반출하는 경우에도 재화의 공급으로 보아 세금계산서를 발행해야 하나 이제는 재화의 공급으로 보지 않기 때문에 별도의 세금계산서를 발행하지 않아도 된다.
또한 하나의 사업자등록증만 발급받아 신고·납부할 수 있어 세금계산서 발행과 수취도 하나의 사업자번호로 가능하게 되었다. 이는 주된 사업장에서 납부만 총괄하여 납세자의 자금 부담을 줄여주던 주사업장총괄납부제도에 비해 훨씬 발전된 제도로 평가받고 있다.
사업자단위과세제도로 변경할 경우 별도의 승인을 요하지 않고 사업자등록정정신고로 갈음하게 되어 있으며, 포기하고자 할 경우에도 별도의 승인을 요하지 않고 과세기간 개시 20일 전에 포기가 가능하여 납세자의 불편을 최소화한 한결 선진화된 조세제도다.
다만 승인 후 5년간은 사업자단위과세제도를 포기할 수 없다. 왜냐하면 이는 세원 관리를 위한 국세청의 최소한의 제재로 볼 수 있다. 현재의 사업자단위 과세제도를 적용받기 위해서는 전산시스템 설비를 갖추어야 하므로 사업자에게 많은 비용 부담이 발생하고 사업자단위 과세제도를 적용받지 못하는 중소사업자는 여전히 사업장별로 사업자등록, 신고, 납부, 세금계산서 발행·수취해야 하는 문제점이 있었다.
하지만 내년부터는 전산시스템 설비를 갖추지 못한 경우에도 사업자단위과세제도를 선택할 수 있는 길이 열려 사업자에게 큰 호응을 얻을 것으로 기대된다.
그러나 세금계산서상 사업장 소재지와 실제 재화나 용역의 공급 장소가 달라 세금계산서 발행과 수취 시 사실과 다른 세금계산서로 오인하는 경우가 발생하는 등 납세자의 혼란을 초래하고 있어 이에 대한 대책이 시급하다.